会社員の確定申告のやり方｜必要なケースと手順をわかりやすく解説【2026年版】

コーイチ公開: 2026-04-02最終更新: 2026-05-21

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会社員で確定申告が必要・有利になる9つのケース

通常、会社員は勤務先が年末調整で税金の精算を完了させるため確定申告は不要です。ただし、次の9つのいずれかに該当する場合は確定申告が必要、または還付を受けるために確定申告した方が有利です。【必須】①給与収入が年2,000万円超（年末調整の対象外）、②2か所以上から給与を受けており年末調整されない給与＋他の所得が年20万円超、③副業所得が年20万円超（雑所得・事業所得）、④年の途中で退職して年内に再就職しておらず年末調整を受けていない、⑤暗号資産・FX・先物などの利益が年20万円超。【有利になる】⑥医療費が年10万円超または所得の5%超（医療費控除）、⑦住宅ローン控除の初年度（2年目以降は年末調整で完結）、⑧ふるさと納税の寄付先が6自治体以上、または医療費控除等と併用する場合、⑨株式・FX等で損失が出て損益通算・3年繰越を活用したい場合。これらに該当する場合は確定申告期間（毎年2月16日〜3月15日）に提出します。還付申告（税金が戻る場合）は1月1日から5年間いつでも提出可能です。

事前準備：必要書類のチェックリスト

確定申告に向けて準備すべき書類は次のとおりです。①源泉徴収票：年末に勤務先から受領（紙またはマイナポータル連携で電子取得可）。②マイナンバーカード（または通知カード＋本人確認書類）：e-Taxの本人認証に必須。③控除関係の証明書：生命保険料控除証明書（10〜11月に保険会社から送付）、地震保険料控除証明書、iDeCo（小規模企業共済等掛金）払込証明書、寄付金受領証明書（ふるさと納税）、医療費の領収書（医療費控除明細書を作成）、住宅ローン年末残高証明書（金融機関から12〜1月に送付）、住宅取得時の売買契約書・登記事項証明書（住宅ローン控除初年度のみ）。④振込口座情報：還付金の受取口座（本人名義のみ）。⑤マイナポータル連携が可能：生命保険料・iDeCo・医療費・ふるさと納税の情報を自動取得できる場合もあるため、事前にマイナポータル連携を設定すると入力作業が大幅に短縮されます。

e-Taxでの申告手順（スマホ完結・所要1〜2時間）

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば、スマホだけで申告が完結します。①ブラウザで「確定申告書等作成コーナー」にアクセス→「作成開始」をタップ。②「e-Taxで提出する」→「マイナンバーカード方式」を選択。③「マイナポータルアプリ」でマイナンバーカードをスマホで読み取り（NFC対応）→暗証番号入力で本人認証完了。④マイナポータル連携をすれば源泉徴収票・控除証明書を自動取得（連携を希望しない場合は手入力）。⑤質問形式で進む画面に沿って入力：給与所得、副業所得、医療費控除、寄付金控除、住宅ローン控除など。⑥計算結果が表示され、税額（または還付額）を確認。⑦内容を確認して送信。⑧マイナンバーカードで電子署名して送信完了。送信から1〜2か月後に還付金が指定口座に振り込まれます。書面申告（郵送・税務署窓口）よりも還付が早く、青色申告特別控除も65万円（書面は55万円）に増えるメリットがあります。

見落としがちな還付項目（医療費控除・特定支出控除など）

確定申告で見落とされやすい還付項目を整理します。①医療費控除：年10万円（または所得の5%）超の医療費が対象。歯科矯正・レーシック・不妊治療・出産費用・通院の交通費（電車・バス）も含む。家族合算可。②セルフメディケーション税制：年1.2万円超の対象市販薬（パッケージに対象マークあり）。医療費控除と選択制。③雑損控除：災害・盗難・横領による損失。給与水害・空き巣被害も対象。④寄付金控除：ふるさと納税以外にも、認定NPO法人・公益社団法人・政党などへの寄付も対象。⑤特定支出控除：弁護士・税理士・医師など難関資格取得費、書籍費、研修費、通勤費の自己負担が一定額超で控除可（給与所得控除の1/2を超える分が対象、ハードルは高い）。⑥住宅ローン控除：初年度のみ確定申告必須、2年目以降は年末調整で完結。⑦ふるさと納税：ワンストップ特例で住民税のみ控除されるが、確定申告だと所得税還付も受けられる。

確定申告のよくある落とし穴と対処法

確定申告で起こりやすいミスとその対処を整理します。①ワンストップ特例と確定申告の重複：ワンストップを申請後に確定申告をすると特例は自動的に無効化されるため、確定申告書に全寄付分を改めて記載する必要あり。記載漏れに注意。②医療費の領収書を紛失：紛失分は控除対象外。代替手段として薬局・病院に再発行を依頼するか、保険診療分は健康保険組合の「医療費通知」で代用可能。③副業の住民税が会社にバレる：確定申告書第二表で「住民税に関する事項」を「自分で納付（普通徴収）」に丸を付ければ副業分の住民税は自宅納付に。給与所得の副業はバレる可能性あり。④マイナンバー記載漏れ：申告書に本人＋扶養親族のマイナンバー記入が必須。記入なしだと税務署から問い合わせ。⑤期限後申告のペナルティ：3月15日を過ぎると無申告加算税（5〜20%）＋延滞税が発生。還付申告ならペナルティなし。申告内容に不安がある場合は、税務署の「電話相談センター」や最寄りの税務署の対面相談を活用しましょう（年明け〜3月は確定申告会場が開設）。

📚参考・出典

ご利用にあたって

本記事は2026年4月時点の公開情報をもとに執筆しています。税制は毎年改正されるため、最新の制度については国税庁や各自治体の公式情報をご確認ください。記事内の計算結果は一般的な前提に基づく概算であり、個別の控除や特例の有無により実額と異なる場合があります。個別の税務相談は、税理士・税務署等の専門機関にお問い合わせください。詳しくは免責事項をご覧ください。